В Китае с приходом коммунистов к власти начались преследования и русские были вынуждены бежать. Большинство бежало через Филиппинские острова. В 1949 году на острове Тубабао в лагере Международной организации беженцев проживало примерно 5 тысяч русских из Китая. Есть сведения, что владыка Иоанн смог вывезти с острова Тубабао в общей сложности 6 тысяч русских беженцев.

Остров находится на пути сезонных тайфунов, которые проносятся над этой частью Тихого океана. Но в течение 27 месяцев существования лагеря ему всего лишь раз угрожал тайфун, однако и он изменил курс, обойдя остров стороной.

Когда один русский в разговоре с филиппинцами упомянул о своем страхе перед тайфунами, те сказали, что причин для беспокойства нет, поскольку "ваш святой человек благословляет ваш лагерь каждую ночь со всех четырех сторон". Они имели в виду владыку Иоанна, ибо, пока он был там, никакой тайфун острова не затрагивал. Когда же лагерь был почти полностью эвакуирован и люди переселены в другие страны (главным образом в США и Австралию), на остров обрушился страшный ураган, полностью уничтоживший лагерь.
 

Будущий архиепископ Иоанн родился 4 июня 1896 года, в селе Адамовке Харьковской губернии. При крещении он был назван Михаилом. Среднее образование получил в Полтавской военной школе, где учился с 1907 по 1914 годы. После школы поступил на юридический факультет Харьковского Императорского университета, который закончил а 1918 году, до захвата города Советами. Был назначен в Харьковский окружной суд, где служил, пока там оставалась Добровольческая Белая армия.

В 1921 году, во время гражданской войны, будущий владыка с родителями, братьями и сестрой эмигрировал в Белград, где он и его братья поступили в университет. Один из них, окончив технический факультет, стал инженером, другой, после юридического, служил в югославской полиции. А Михаил закончил в 1925 году богословский факультет, зарабатывая на жизнь во время учебы продажей газет.

В 1924 году он был посвящен в чтецы Русской церкви в Белграде.

В 1926 году митрополит Антоний постриг его в монахи и рукоположил во иеродиакона, дав имя Иоанн в честь дальнего родича его, святого Иоанна Тобольского (Максимовича). 21 ноября того же года отец Иоанн был рукоположен во иеромонаха.

С 1925 по 1927 годы он был религиозным наставником в Сербской государственной высшей школе, а с 1929 по 1934 годы — учителем и руководителем в Сербской семинарии святого Иоанна Богослова, что в Битоле. Там он служил Божественную литургию на греческом языке для местных греческих и македонских общин.

В 1934 году иеромонах возведен в сан епископа и был назначен в Шанхайскую епархию.

В 1946 году он был возведен в сан архиепископа Русской Православной Церкви Заграницей.